水晶的颜色，可分为无色、乳白色、紫色、黄色、粉色、红色、蓝色、绿色、紫黄色、烟色、茶色和黑色等。其中红色、蓝色和绿色比较少见，蓝色和绿色更是稀少罕见。
根据矿物的致色理论，水晶的颜色属于他色。所谓他色，即矿物中的机械混入物，如带色杂质、气液包裹体等，这些外来物质与矿物本身的成分结构无关，由这种因素引起的颜色称为矿物的他色。下面简要介绍水晶的致色原因。
无色水晶为纯净的二氧化硅结晶体。
乳水晶的乳白色，因含细分散的气、液包裹体而致色。
紫水晶的紫色，因成分中含有微量的Fe3+和Mn2+而致色。
黄水晶的黄色，因成分中含有微量的Fe2+和结构水H2O而致色。
蔷薇水晶（芙蓉石）的粉红色，因成分中含有微量Mn2+和Ti4+而致色。
红水晶的红色，因成分中含有极其细微的红色包裹体矿物质而致色。
蓝水晶的蓝色，因成分中含有细微金红石针状晶体的丁德尔散射效应产生的。
绿水晶的绿色，因成分中含有微量的Fe而致色。或是由于含大量微细的包裹体绿泥石等矿物而致色。
双色水晶的紫色和黄色，双色是由于水晶内的双晶所致色。紫色和黄色分别发育于双晶单体中的r面和z面。
烟晶的烟色至棕褐色以至黑色，因成分中含有微量的AI3+而呈烟色；黑色是由受放射性影响而产生的游离Si引起的。
上述的水晶颜色，是指天然形成的颜色，而不包括人为的颜色。目前市场上五颜六色的“水晶制品”，有多少是天然水晶制品，很难作出准确的判断，但可断定多数是仿冒的所谓水晶制品，其颜色也是可想而知的。
