1、 晶洞、晶簇净化法（经典法）：
把水晶放于天然水晶簇上或水晶洞內，就可以达到到相当棒的净化效果。水晶在经过一整天的佩带之后，回家时就将他收纳在晶洞内或晶簇上，其晶洞或晶簇所散发出來的振动能量（持续且稳定），可以有效的清除水晶內的负性能量，並且重新充电，效果可以好到不得了喔。而晶洞跟晶簇是体积越大的效果越强，但也不要在同一个晶洞或晶簇內摆上好几十条的水晶，净化效果会打折扣。
2、日光照射法
把水晶放置于阳光下晒数小时，让大自然最强大的力量帮您的水晶净化。但千万要记住，此方法不适用于紫水晶、黃水晶或粉晶等等的有色宝石，因为这些水晶都內含Fe（铁）、Cu（铜）等其他元素，长时间曝晒会导致氧化或因高温也易改变水晶內之分子结构而退色。
3、低温净化法
水晶是属于高密度的宝石，而且里面通常都会存在冰裂，经过冰柜的零下温度后，水晶会变得异常脆弱，尤其是坠子大部分都有像K金、银饰等等的水晶坠子，因为矿石和金属的延展性不同，可能经过温差的变化造成穿洞结合的部分会松动，另外就是水晶放在冰柜一晚之后，千万不要想说马上戴就直接冲水，如果您马上这样做，水晶会裂。所以，使用此方法一定要让它慢慢的自然解温。放进冰柜之前，先用保险密封袋或保险膜把水晶密封好（防止其它食物的异味沾上水晶），放水晶于冰箱、雪柜内一晚就可以达到净化效果。
